①「写真14」における「ＰＭ検査」の型判定について
ＰＭ型の「ＰＭ」とはPoly Markerの略で、ＰＭ検査とは、5種類のＤＮＡ（LDLR型、GYPA型、HBGG型、D7S８型、GC型）の型判定を行うために、鑑定資料から抽出したＤＮＡをPCR増幅（ＤＮＡ鑑定に必要なＤＮＡの特定部位を数千万倍にも増幅させること）した後、専用の検査キットの試験紙を用い、上記５種類の型を同時に検査するものである。
試験紙には、それぞれの部位のそれぞれの型に対応するＤＮＡだけに反応する試薬が点状に塗布されており、その反応した型の部分だけが青色に変色する（試薬が添付されている点状の位置を「ドット」という）。
PM検査における上記5種類の型の部位のうち、LDLR部位、GYPA部位、D7S８部位は、それぞれA型、B型の2種類の型があり、両親から受け継いだ型の組み合わせにより、それぞれ「AA型」「AB型」「BB型」の3通りに分類され、また、HBGG部位、GC部位は、それぞれA型、B型、C型の3種類の型があり、それぞれの組合せにより「AB型」等の、６通りに分類される。これら５部位の間に相関関係はないので、それぞれの組合せにより、個人を972通りに分類することができ、当該個人が有する各型に応じて試験紙のドットが変色するようになっている。PM検査キットによる型の判定（発色、型は一例)
ところで、こうしたPM検査で使用する試験紙の左端には、「S」というドットが存するが、このドットは、当該鑑定資料における検査適量のＤＮＡ量の有無を確認するもので、5つの座位の型判定の可否を決める標準（スタンダード）ドットである。PM検査キットの取扱説明書によれば、型判定に際しては、まず鑑定資料の試験紙における「Ｓ」ドットの発色を確認し、その発色よりも強い発色を陽性として型判定を行うこととされている（乙‐Ａ10‐１号証「取扱説明書」29ページ）
そこで、本件鑑定書における「写真14」の「ブロック（No.2）」の発色状態を確認すると、「Ｓ」ドットは発色なし、「LDLR」のドットは「B」が発色あり、「GYPA」のドットは「A」が薄く発色して「Ｂ」が発色あり、「D7S８」のドットは「A」が薄く発色し、「Ｂ」が発色あり、「GC」のドットは「A」が発色して「C」が薄い発色、となっていることが明らかである。
つまり「写真14」の「ブロック（No.2）」の試験紙には、前述したとおり、型判定の前提となる「Ｓ」ドットの発色がなく、本来「判定不能」とすべきところであるにもかかわらず、本件鑑定書では、「表２」において「ブロック（No.2,4,5,6,8）」のＰＭ型として、５種類の部位を「B/B」「A/B」「A/B」「A/B」「A/C」と型判定している。これは、明かに検査キットのマニュアルに沿わない型判定であるから、本来であれば、「Ｓ」の発色がなくとも型判定を行った合理的な理由を明かにすべきところであるが、本件鑑定書ではこの点に一切触れることなく、単に（あるいは無理に）型判定を行っており、到底信用できる型判定とはいえないものである。②「写真１４」におけるドットの発色状態について
遺伝子型には、父親由来のものと母親由来のものとで違った型を示すことがあり、違った型を示すものを「ヘテロ型（異型接合体）」といい、同じ型を示すものを「ホモ（同型接合体）」という。
PM検査キットでは、遺伝子型が「ヘテロ型」の場合、型は２つとなり、その遺伝子（例えば、「HBGG」であれば、AとB、AとC、BとCの組合せ）に対応するドットの発色の程度が等しくなるように作られている（乙‐Ａ10‐１号証「取扱説明書」29ページ）。したがって、同一座位における明らかに発色の強さの異なるドットが観察された場合には、２種類のＤＮＡの混在を疑わせることとなる（一人の臓器から作成されたブロック標本であれば、その発色に濃淡の差があることはまずあり得ない。）。
そこで、「写真１４」のブロック型（No.２）の試験紙の発色状態を確認すると、「GYPA」、「HBGG」、「D７S８」、「GC」の各ドットの発色は、それぞれが明らかに異なった強さで発色しており、その濃淡の差は顕著なものとなっている。しかし、このような発色状態は、前述したとおり他のＤＮＡの混在が疑われるのであるから、本来は、発色状態に関する考察が加えられ、型判定を行った合理的な理由が鑑定書上明らかにされるべきところ、本件鑑定書ではこの点に一切触れることなく、単に（あるいは無理に）型判定を行っており、この点においても到底信用できる型判定とはいえないものである。
（２）HLA DQA１型鑑定について
HLA DQA１型鑑定とは、第６染色体上にあるHLADQα部位の塩基配列が個人によって一部異なることから、この違いを型として分類する鑑定方法であり、専用の検査キットの試験紙を用いて鑑定が行われる。
この鑑定法の手順は、ＤＮＡを精製して、PCR増幅した後、検査キットの試験紙により、資料からのＤＮＡと反応した部分だけが青色に発色するので、この発色の有無によって型を判定する。そして、本件鑑定に使用されている検査キット（PM検査とセットになっている。）では、「1.1型」、「1.2型」、「1.3型」、「２型」、「３型」、「4.1型」、「4.2型」、「4.2型/4.3型」の７種類が検出でき、両親から受け継いだそれぞれの型の組合せにより28通りに分類され、例えば、「1.1型」と「２型」の人の場合には「1.1－2型」として表現される。
本件鑑定書における「写真16」は、遺族各人の血液と「ブロック（No.２）」のそれぞれについて「HLA DQA１型」の結果を表しているが、この試験紙の中央付近に「C」というドットが存しているのは、PM検査における「S」ドットと同様、当該鑑定資料における検査適量のＤＮＡ量の有無を確認するもので、コントロールドットと呼ばれている。この検査キットの取扱説明書によれば、型判定に際しては、まず鑑定資料の試験紙における「C」ドットの発色を確認し、その発色よりも強い発色を陽性として型判定を行うこととされ、「C」ドットの発色が正確な型判定の大前提となっている（乙‐Ａ10‐１号証「取扱説明書」30ページ）。
そこで、「写真１６」における「ブロック（No.２）」の発色状態を確認すると、「C」ドットは発色なし、「２」のドットが極めて薄く発色、「All but 1.3」のドットが薄く発色している。
つまり、この「写真１６」の「ブロック（No.２）」の試験紙には、前述したとおり、型判定の前提となる「C」ドットの発色がなく、本来「判定不能」とすべきところであるが、本件鑑定書では、「表２」において、「ブロック（No.２,４,５,６,８）」の「HLA DQA１」型を「２/２」と型判定している。これは、「C」ドットの発色を正確な型判定の大前提としている検査キットのマニュアルに明らかに反する型判定を行っているのであるから、到底信用できる型判定とはいえないものである。
（３）一部の鑑定資料に対する型判定について
本来、「ＤＮＡ鑑定は、当初から対照資料の異同識別に用いることを目的としており、血液型判定などに比して、相当に複雑な作業過程を経るものであるから、全ての対照資料に対し、同一の環境、条件の下で型判定の作業を行うことが信頼性を確保するうえでも好ましい」（東京高裁平成８年５月９日判決・判決時報1585号136頁）とされているように、本件鑑定における鑑定結果の信頼性は、伊藤監察医から提出された鑑定資料の全てが、適切な鑑定手法によって合理的な根拠に基き型判定がなされることによって初めて確保されるものである。
さらに付言すれば、本件鑑定は、伊藤監察医が提出した臓器ないし標本と、原告らとの親子鑑定により、これらの臓器ないし標本が亡幹郎の死体の一部であると認められるか否かを目的としたものであるから、これらの臓器ないし標本の全てについて適切な型判定がなされ、その結果、その全てが「親子関係に矛盾がある」となった場合に初めて、これらの臓器標本が亡幹郎の死体の一部ではないと言えるのであって、臓器や標本の一部が矛盾していることをもって、直ちに「親子関係に矛盾がある」との結果を導き出すことは、早計に過ぎると言わざるを得ない。
しかし、以下に述べるとおり、本件鑑定書は、その記載内容からすると、一部の資料について鑑定を実施し、その結果のさらに一部のみを鑑定書中において明らかにしているに過ぎず、この点において、極めて不明瞭かつ不適切な鑑定書というべきものであり、本件鑑定結果自体、到底信頼性が確保されたものと評価することはできない。①ブロック標本に対するＤＮＡ鑑定について
本件鑑定書中、ブロック標本のＤＮＡ鑑定に関する、「提出されたブロック標本（心臓No.2・4・5・6・８）から前述のように切片を切り出し、…… ＤＮＡを抽出し、PCR法によるポリマーカー（PM）型とHLA DQA１型の結果は写真14・16のようであった」（同６ページ２～５行目）との記載は、提出されたブロック標本18個のうち、右５個のブロック標本について鑑定を実施したことを文中において明らかにしたに過ぎない。
上述したとおり、本来、ＤＮＡ鑑定は資料の全てについて鑑定がなされるべきであるところ、本件鑑定は、提出された標本の全てを対象にした鑑定が実施されたか否かは全く不明である。ここで、仮に、鑑定人が、提出された18個の標本全てについて鑑定を実施し、右5個の標本のみを鑑定書上に摘示したというのであれば、鑑定を実施した18個の標本全ての結果を鑑定書上明らかにすべきであるし、また、提出された全ての標本ではなく、右５個の標本についてのみ鑑定を実施したというのであれば、右5個のみとした合理的な理由とともに、その結果の全てを鑑定書上に明らかにすべきである。
にもかからわず、本件鑑定書では、この点に一切触れることなく、鑑定を実施したものとして「心臓No.2・4・5・6・８」と各ブロック標本を文中において摘示しただけで、その結果を写真添付により客観的に明らかにしているのは、わずかに「ブロック（No.２）」のみであり、他の標本に関する鑑定結果は一切写真等によって明らかにしていない。②臓器のＤＮＡ鑑定について
本件鑑定書中、臓器のＤＮＡ鑑定に関する、「心臓No.2・4・5・6」および肝臓（No.18）から資料を採取し（写真12・13）、…… ＤＮＡを抽出し、PCR法によるポリマーカー（PM）型の結果は写真17、表２のようであった。HLA DQA１型は判定できなかった」（同６ページ26～29行目）との記載は、鑑定人が1～22の番号を付した（写真12、13）臓器片のうち、右５個の臓器片について鑑定を実施したことを文中において明らかにしたにすぎない。
上述したとおり、本来、提出された臓器についても、その全てについて鑑定がなされるべきであるところ、臓器に関する鑑定についても、本件鑑定が提出された臓器の全てを対象に鑑定を実施したのか否かが全く不明である。ここでも、仮に、鑑定人が1～22の番号を付した全ての臓器について鑑定を実施したというのであれば、その全ての結果を明らかにするべきであるし、右5個の臓器片についてのみ鑑定を実施したというのであれば、右5個のみとした合理的な理由とともに、その結果の全てを鑑定書上に明らかにすべきである。
しかし、本件鑑定書では、ブロック標本に対するＤＮＡ鑑定と同様、この点に一切触れることなく、鑑定を実施したものとして「心臓（No.2・4・5・6）および肝臓（No.18）」の各臓器片を文中において摘示しただけで、その結果を写真添付により客観的に明らかにしているのは、わずかに「No.4」と「No.18」のみであり、他の臓器片に関する鑑定結果は一切写真等によって明らかにしていない。
（４）小括
上述したとおり、本件鑑定が、「PM型」、「HLA DQA１型」ともに、検査キットの取扱説明書に沿わない（あるいは、反した）型判定がなされている上、試験紙上の不自然な発色状態を無視しているにもかかわらず、何ら合理的な説明もないままに鑑定結果に導かせていること、さらに、本来、ＤＮＡ鑑定が全ての資料について鑑定が行われるべきところ、本件鑑定が、一部の資料のみ鑑定を実施し、結果を明らかにしているのが、更にその一部のみであることなどからすれば、本件鑑定は、ＤＮＡ鑑定としては極めて顕著な不備があり、到底信用するに値しない鑑定結果であるというべきである。
