Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju, przekonuje, że działalność Państwowej Komisji Badań Wypadków Kolejowych jest samodzielna i nieskrępowana. Wynika to z przepisów ustawy o transporcie kolejowym, które uniemożliwiają ministrowi i każdemu innemu podmiotowi wpływanie na kształt postępowań prowadzonych przez PKBWK.
Unijne prawo nakłada na państwa członkowskie obowiązek ustanowienia niezależnego organu bezpieczeństwa, niezależnego organu dochodzeniowego badającego wypadki i incydenty oraz określenia wspólnych zasad dla zarządzania, regulacji i nadzoru bezpieczeństwa kolei. Komisja Europejska zarzuciła Polsce, że nasze prawo nie gwarantuje prowadzenia dochodzenia w sprawie poważnych wypadków i incydentów przez niezależny organ dochodzeniowy.
W opinii resortu odpowiedzialnego za kolej Państwowa Komisja Badania Wypadków Kolejowych działająca przy ministrze infrastruktury i rozwoju jest niezależna, stała, wykonuje zadania w swoim imieniu, a jej status pozostaje niezmienny od lat.
Jak tłumaczy MIB, zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym, minister ds. transportu zapewnia środki na prowadzenie działalności Komisji i jej obsługę, w szczególności na wynagrodzenia jej członków, ekspertów, pracowników obsługi oraz wyposażenie techniczne, czy koszty ekspertyz. Rola resortu sprowadza się do obsługi organizacyjno-administracyjnej PKBWK (co w żadnym stopniu nie narusza niezależności Komisji) i ma na celu racjonalizację kosztów funkcjonowania tej instytucji.
Przepisy ustawy o transporcie kolejowym, pomimo że przewodniczącego PKBWK powołuje minister właściwy ds. transportu, pełnią – według ministerstwa – funkcję gwarancyjną, uniemożliwiając wpływanie na kształt postępowań prowadzonych przez PKBWK. Jakiekolwiek próby wpływania na sposób prowadzenia postępowań przez PKBWK byłoby niezgodne z ustawą, a także z art. 7 Konstytucji Rzeczpospolitej Polskiej, który stanowi, iż organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa.
Również uprawnienia ministra właściwego do spraw transportu związane z powoływaniem i odwoływaniem Przewodniczącego PKBWK w sytuacji, w której minister wykonuje jednocześnie uprawnienia właścicielskie względem zarządcy infrastruktury, nie mogą zostać uznane za naruszenie art. 21 ust. 1 dyrektywy 2004/49/WE – twierdzi MIB. Artykuł ten nie zakazuje powoływania i odwoływania członków krajowego organu dochodzeniowego przez ministra do spraw transportu w przypadku wykonywania przez niego jakichkolwiek zadań względem podmiotów z branży kolejowej.
Ponadto, przepisy dyrektywy pozostawiają państwom członkowskim UE swobodę kształtowania relacji pomiędzy organem dochodzeniowym a ministrem właściwym ds. transportu. Potwierdza to praktyka przyjęta w większości państw członkowskich UE (m.in. w Wielkiej Brytanii, Niemczech Hiszpanii, Norwegii, Czechach, Danii, we Włoszech).
