او پیش از این در سال ۱۹۶۴ سن ۱۴ سالگی با عنوان ولیعهد بحرین و در سال ۱۹۹۹ امیر بحرین شد. حکومت بحرین در سال ۲۰۰۲ از امیر نشین به پادشاهی تغییر نام داد.[۲] او در ابتدای سلطنت خود ، به اصلاحاتی از جمله آزادی تعداد زیادی از زندانیان سیاسی، انحلال دادگاههای امنیتی و آزادی احزاب سیاسی بصورت محدود ، دست زد . پادشاهان بحرین از قدیم به دلیل اینکه اکثریت مردم این کشور را شیعیان تشکیل می دهند و خاندان سلطنتی اهل تسنن هستند ،سعی می کنند با انتقال شهروندان دیگر کشورهای سنی مذهب و دادن شناسنامه بحرینی به آنها ، نسبت جمعیت شیعیان به اهل سنت بحرین را کاهش دهند .
در سال ۲۰۱۱ ، مردم بحرین که عموم آنها را شیعیان تشکیل می دهند برای اعتراض از وضیعیت سیاسی کشورشان دست به تظاهرات زدند . پلیس بحرین با تظاهرکنندگان برخورد شدید کرد . اما تظاهرات مردم شدیدتر شد . در همین زمان ارتش عربستانسعودی با هماهنگی حمد بن عیسی به بهانه جلوگیری از نفوذ ایران ، وارد بحرین شد و به شدت با کمک پلیس بحرین اعتراضات مردم را سرکوب کردند . ایالات متحده آمریکا در مورد سرکوب اعتراضات بحرین سکوت اختیار کرد . تا ابتدای سال ۲۰۱۲ ، ۷۶ نفر از مردم بحرین به دست نیروهای امنیتی بحرین و عربستان کشته شده‌اند .
حمد بن عیسی پس از ورود ارتش عربستان از فرماندهان سعودی تشکر کرد .
] 
