این رودخانه از (ارتفاعات بن رود) دامنه کوه تاسک از روستای زنگنه بن رود (حدود 30 کیلومتری شمال شرقی شهرستان کازرون) در دهستان دشت ارژن در بخش ارژن شیراز سرچشمه می گیرد و پس از عبور از میان دره‌ای در ناحیۀ شمال غربی شیراز، از کنار روستای چهل چشمه کرونی می گذرد و پس از گذر از کنار شهر خان زنیان وارد دهستان کوهمره سرخی می شود و سپس از بخش ارژن شیراز خارح و وارد شهرستان کوار می شود. رودخانه قره آغاج در مسير خود همراه چند رود و چشمه، پس از عبور از اراضی زراعی خفر، كوار، جهرم، قير و كارزين از طريق استان بوشهر به نام رود مند وارد خليج فارس می شود.
این رود وارد بخش خفر شهرستان جهرم شده همچنین از روستاهای چهل چشمه کرونی، خان زنیان، حسین آباد، خانه خمیس، قنات، شهر کوار، اسماعیل آباد، آباد شاپور، بالاشهر، فتح آباد ... به تنگ کارزین می‌گذرد.اين رودخانه در ادامه مسير و بعد از طی کردن دامنه جنوبی كوه سفيدار و گذشتن از تنگ كبوتری و خاور دهستان سيمكان و پيوستن به رودخانه های سيمكان و هگان به سمت جنوب متمايل شده و وارد شهرستان فيروزآباد می شود. قره آغاج سرانجام و پس از طی كردن مسيری طولانی به خليج فارس می ريزد. آب اين رودخانه دايمی است و عرض آن در نواحی كوهستانی ۲۰ متر و در جلگه به ۴۰۰ متر می رسد.
رودخانه قره آغاج یکی از مهم‌ترین رودخانههای استان فارس می‌باشد که از آب آن هم اکنون جهت مصارف شرب و کشاورزی استفاده می‌شود. احداث سد سلمان فارسی در شهرستان قیر و کارزین و مطالعات جهت احداث سد کوار بر روی این رودخانه نشانه اهمیت این رودخانه در استان فارس می‌باشد.
دبی متوسط سالیانه این رودخانه 18 متر مکعب در ثانیه در ایستگاه تنگ کارزین می‌باشد. حداقل دبی در این ایستگاه 3.5 متر مکعب در ثانیه و حداکثر 43 متر مکعب در ثانیه می‌باشد. در حالت سیلابی آمار ثبت شده نشان دهند دبی 6000 متر مکعب در ثانیه نیز می‌باشد.
