شرکت هواپیمایی زاگرس در سال ۱۳۸۴ با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۸۶ دو فروند هواپیمای بویینگ MD به ناوگان خود اضافه کرد. اولین پرواز بینالمللی زاگرس در سال ۱۳۸۷ با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد. در حال حاضر این شرکت یکی از هواپیماهای خود با ریجیستر EP-ZAD را از خط پرواز خارج نموده و از قطعات آن برای سایر هواپیماهای MD استفاده مینماید.[نیازمند منبع] در حال حاضر این شرکت دارای ۱۹ فروند هواپیما، شامل ۱۰ فروند ایرباس ای۳۲۰، ۱ فروند ایرباس ای۳۱۹،۲فروند ایرباس ای ۳۲۱ ، ۳ فروند مکدانل داگلاس امدی۸۳ و ۵ فروند مکدانل داگلاس امدی-۸۲ است.
در ۱۶ بهمن ۱۳۹۰، پرواز مسیر تهران ـ کیش، دقایقی پس از از برخاستن به دلیل آنچه که فشار داخل هواپیما اعلام شد، فرود اضطراری کرد.[۲]
در ۲ تیر ۱۳۹۱، پرواز ۴۰۵۰ کیش-تهران پس از ۶ ساعت تأخیر در پرواز، دقایقی پس از برخاستن دچار نقص فنی شد و مجبور به بازگشت به فرودگاه کیش شد.[۳]
در ۲۹ دی ۱۳۹۳، یک فروند هواپیمای MD متعلق به شرکت هواپیمایی زاگرس، قبل از پرواز از تبریز به سمت مشهد در ابتدای باند و به هنگام دور زدن جهت انجام پرواز، از مسیر خارج و وارد شانه خاکی باند شد. در این سانحه به کسی آسیبی نرسید.[۴][۵]
در ۷ اسفند ۱۳۹۳، پرواز شماره ۴۰۴۰ کیش - تهران با ایرباس ۳۲۰ این شرکت، پس از نیم ساعت از پرواز به علت نقص فنی و با تصمیم خلبان دوباره به جزیره کیش بازگشت.[۶][۷]
در ۵ اردیبهشت ۱۳۹۴، یک فروند هواپیمای بویینگ MD83 که از نجف عازم تهران بود از مسیر تاکسی وی فرودگاه نجف، خارج شده و متوقف شد. در این حادثه به مسافران آسیبی نرسید.[۸]
در ۲۰ خرداد ۱۳۹۴، پرواز بوشهر-مشهد این شرکت که با ۱۵۰ مسافر در روی باند فرودگاه آماده پرواز بود به دلیل وجود نقص فنی توسط خلبان آن متوقف شد.[۹]
در ۱۵ تیر ۱۳۹۴، پرواز شماره ZV4159 هواپیمایی زاگرس که از تهران عازم استانبول بود پس از ساعتها تأخیر، در هنگام تیکآف و در حالی که چرخهای هواپیما روی باند فرودگاه بینالمللی امام خمینی بود هواپیما پس از تکانههای شدید در گوشهای از باند توقف کرد. کاپیتان با ابراز پوزش از مسافران به دلیل نقص فنی و عمل نکردن هیدرولیک ادامه پرواز را غیرممکن اعلام کرد.[۱۰]
در ۱۶ تیر ۱۳۹۴ پرواز شماره ۴۰۱۴ اهواز- تهران این شرکت با هواپیمای ام دی پس از برخاستن از فرودگاه اهواز، به علت از کار افتادن یکی از موتورها و مشکل هیدرولیک و بسته نشدن چرخها پس از اعلام وضعیت اضطراری مجبور به بازگشت و فرود اضطراری در اهواز شد.[۱۱]
در ۸ بهمن ۱۳۹۴ یک فروندهواپیمای بویینگ MD83 با شماره پرواز ۴۰۱۰ متعلق به شرکت هواپیمایی زاگرس با۱۵۴ مسافردر ساعت۱۸:۳۰ دقیقه که از اصفهان به مقصد مشهد پروازنموده بوددرساعت ۱۹:۴۰دقیقه هنگام فرود روی باند فرودگاه شهید هاشمی نژاد مشهد بعلت لغزندگی زمین ازانتهای باندخارج شد وچرخ هواپیما شکست ویکی از بالهای هواپیما بعلت برخورد با زمین آسیب دیدو دچار خسارت مالی شد. دراین سانحه به۱۵۴مسافروخدمه آسیب جدی نرسیدو مسافرین در هوای سرد و برفی مشهد خروج اضطراری را تجربه کردند.[۱۲]
در ۲۲ تیر ۱۳۹۵ پرواز شماره ۴۰۶۵ تهران- ماهشهر با هواپیمای MD به دلیل هشدار آتشسوزی در سیستم ایمنی هواپیما از ناحیه موتور سمت راست در فرودگاه اهواز به طور اضطراری به زمین نشست. در این حادثه به کسی آسیبی نرسید.[۱۳]
در ۲۴ مرداد ۱۳۹۵ پرواز اهواز - تهران مدتی پس از پرواز به دلیل نقص فنی و افت فشار کابین خلبان مجبور به بازگشت و فرود اضطراری در اهواز میشود.[۱۴]
در روز ۵ شنبه ۴ شهریور ۱۳۹۵ پرواز شماره ۴۰۱۹ تهران - شیراز ابتدا به دلیل آنچه نقص فنی در سیستم موتور هواپیما اعلام شده بود مجوز پرواز نگرفت و مسافران مجدداً در فرودگاه مهرآباد تهران پیاده شدند. پس از اعلام رفع نقص و سوار شدن مجدد مسافران و Take-off از باند فرودگاه مهرآباد، به دلیل آنچه که از سوی خدمه هواپیما، نقص فنی در سیستم هیدرولیک هواپیما اعلام شده بود، خلبان با تغییر مسیر مجبور به بازگشت و فرود اضطراری در فرودگاه مهراباد گردید.
در روز ۶ بهمن ۱۳۹۵، یک فروند هواپیمای بوئینگ MD ۸۲ به شماره پرواز ۴۰۸۵ در مسیر تهران - قشم بعد از حدود ۴۰ دقیقه پرواز، به دلیل ایجاد مشکل در سیستم ناوبری هواپیما، مجبور به بازگشت و فرود اضطراری در فرودگاه مهرآباد شد.[۱۵]
در روز سهشنبه ۱۰ اسفند ۱۳۹۵، در پرواز شماره ۴۰۱۰ شیراز به مقصد تهران، پس از تاخیر حدودا ۳ ساعته هواپیما از فرودگاه بلند شد، و پس از یک ساعت پرواز مجددا بالای شیراز در فرودگاه شیراز به زمین نشست. به گفته خلبان هنگام بلندشدن سیستم ناوبری هواپیما به کلی از کار افتاده بود و خلبان با استفاده از چراغهای شهر فرودگاه را پیدا کرده است.[نیازمند منبع]