در نهایت با وجود اعتراضات انجام شده توسط مراجع و سیاسیون این انتخابات با حضور سیدعلی خامنهای، حبیبالله عسگراولادی و سید محمود کاشانی برگزار شد و سید علی خامنهای با کسب ۱۲ میلیون و ۲۰۵ هزار و ۱۲ رای (۸۵٪) از مجموع ۱۴ میلیون و ۲۳۸ هزار و ۵۸۷ نفر برای دومین بار به عنوان رئیس جمهور ایران انتخاب شد.[۳][۴]
در این اتتخابات دکتر سید محمود مصطفوی کاشانی یک میلیون و ۳۹۷ هزار و ۵۴۸ رای رتبه دوم و حبیب الله عسگر اولادی مسلمان با ۲۷۶ هزار و ۵۰۲ رای رتبه سوم را کسب کردند.[۵]